Esta opción se ha introducido recientemente y permite codificar una o más variables de forma simultánea sin utilizar el módulo de codificación automático. Digamos que es una forma más tradicional de codificación y que debería ser utilizada para codificar variables de requieren la consulta de otras tantas variables para poder imputar un código final.
El modo de trabajar es diferente, ya que no se genera listado de literales, sino que se utilizan libros de claves ya existentes y definidos. Un ejemplo muy claro sería la codificación de la ocupación del individuo utilizando la Clasificación Nacional de ocupaciones del INE (España) y/o la codificación de la actividad económica del entrevistado en base a los códigos de Clasificación Nacional de Actividades Económicas del INE.
Para realizar este proceso de codificación, el primer paso sería crear las variables cerradas sobre las que vamos a codificar, asignado a estas el tipo conveniente, bien de tipo categoría nominal (respuesta simple) o bien de respuesta múltiple y codificando las mismas con el libro de claves que les correspondiera. Esto último puede hacerse al principio o al final del proceso.
La entrada de menú, al ser ejecutada muestra la siguiente ventana:
Esta pantalla muestra la ventana donde se producirá el trabajo de codificación. En la parte inferior derecha, un botón con el texto seleccionar variables nos llevaría a la selección de las variables de trabajo.
En este diálogo, observamos tres cajas:
| • | la caja superior recibirá las variables vacías en las que vamos a proceder a realizar la imputación de códigos. |
| • | la caja media, recibirá las variables de nuestro estudio que permiten determinar que código han de recibir las anteriores. |
| • | la caja inferior recibirá la variable que consideramos de identificación del registro, que debe ser con valor único por registro. En nuestro estudios provenientes de Integra, una variable de este tipo sería REGISTRO. |
Seleccionadas las variables, la ventana se rellena con la información seleccionada y se procede con la codificación.
Podemos observar las dos primeras columnas vacías y es sobre ellas donde comenzaremos a imputar los códigos. estas variables pueden tener libro de claves o éste puede ser asignado con posterioridad. Si dispone de libro de claves, éste se puede desplegar con la flecha abajo que sale en el modo de edición de la celdilla. Para que nuestro trabajo sea más fácil, podemos apoyarnos en las siguientes utilidades:
Para identificar correctamente la fila en la cula nos encontranos se colorea en verde así como la celda en la cuál se localiza el curso en azul. para editar basta con pulsar INTRO en las celdas de las variables elegidas para codificar.
| • |  cambia los valores numéricos por su correspondiente etiqueta en las columnas de las variables relacionadas. |
| • | Las cabeceras de columna, muestran un icono en forma de indicador que permite desplegar el menú de filtros. Cada columna puede ser filtrada por el mismo conjunto de criterios que podemos utilizar el codificación automática: seleccionar un valor, condición, etc. |
| • | Estando situado sobre la primera columna, podemos efectuar un clic derecho en el ratón y se despliega un menú contextual con tres opciones: |
| o | Asignar valor de forma automática a todas las filas seleccionadas. En la columna que contiene el cursor, todas aquellas celdas vacías se rellenarán con el valor que escribimos. |
| o | Eliminar valor de forma automática de todas las filas seleccionadas que se muestran con el filtro actual. |
| o | Ver información del registro. Nos permite ver en un cuadro anexo y en vertical, toda la información del registro en el que estamos. Debemos pensar que en ocasiones, es difícil estar desplazándose por la fila para ver todas las informaciones. |
Como en ocasiones sucederá que no terminamos la codificación de una vez, o que estamos codificando solo partes de un archivo, al igual que en la codificación automática podemos guardar libros de claves con sus literales, en esta nueva funcionalidad de codificación podremos también 
guardar y 
cargar (ver iconos en la base izquierda de la ventana) el listado de imputaciones realizado. estas imputaciones se realizan tomando la variable registro como puntero y sobre las variables que se llamaran de esa forma.
Una vez hubiéramos definido todos los registros con su código, la codificación habría finalizado.